1、從柱離心式產(chǎn)品的流行看經(jīng)典方法的缺點(diǎn) （或者操作重點(diǎn)）
柱式方法的風(fēng)行是無(wú)法否定的現(xiàn)實(shí)。下面通過(guò)柱式方法與經(jīng)典方法的比較，看一看如何注意經(jīng)典方法的操作重點(diǎn)。
裂解，二者幾乎沒(méi)有任何區(qū)別。去蛋白質(zhì)，柱式靠的是柱材料對(duì)蛋白質(zhì)吸附力低這一特點(diǎn)，將蛋白質(zhì)殘留控制在比較低的水平 (并不是/也不能徹底去除)；經(jīng)典方法最常用的是 PC 抽提，可以將蛋白質(zhì)去除得更徹底一些。其它大分子雜質(zhì) - 如多糖等 - 的去除，柱式的與蛋白質(zhì)的去除相似，但經(jīng)典方法中卻沒(méi)有如此方便的對(duì)應(yīng)方法。小分子物 (鹽等) 的去除，是柱式方法最優(yōu)勢(shì)所在。如果柱子設(shè)計(jì)沒(méi)有問(wèn)題，離心后柱子中殘留的液體穩(wěn)定而少；柱式的洗滌具有“流水洗滌”的效果；柱式中的核酸是不成團(tuán)塊的 - 這三個(gè)特點(diǎn)決定了柱式的洗滌效率比經(jīng)典的洗滌效率高，所以，柱式純化的核酸純度比較高。
2、 應(yīng)該使用多少菌液？
根據(jù)我們的經(jīng)驗(yàn)，如為高拷貝質(zhì)粒（如：pUC118等），使用2 ml培養(yǎng)液與4 ml培養(yǎng)液純化的質(zhì)粒DNA的收量差別不是很大，可以純化到20-25 μg的高純度質(zhì)粒DNA。如提取地拷貝質(zhì)?；虼笥?0 kb質(zhì)粒，建議使用5-10 ml的菌液（可分幾管收集菌體，按比例加入溶液Ⅰ、溶液Ⅱ、溶液Ⅲ，再將離心上清分批轉(zhuǎn)移至DNA純化柱），吸附和洗脫的時(shí)間可以適當(dāng)延長(zhǎng)，洗脫時(shí)使用的溶液Eluent應(yīng)在60℃水浴預(yù)熱。高純度質(zhì)粒小提試劑盒所配硅膠柱的最大吸附量是40 μg，滿足絕大多數(shù)實(shí)驗(yàn)所需用量。
3、溶液Ⅰ、溶液Ⅱ、溶液Ⅲ的用量問(wèn)題
溶液Ⅰ、溶液Ⅱ、溶液Ⅲ的比例是固定的，如果增加或減少用量都請(qǐng)按比例變化，但是一般來(lái)說(shuō)，用量原則是確保能徹底裂解樣品，同時(shí)使裂解體系中核酸的濃度適中（具體表現(xiàn)是加入溶液Ⅱ后，能形成澄清的裂解溶液）。濃度過(guò)低，將導(dǎo)致沉淀效率低，影響得率；濃度過(guò)高，去除雜質(zhì)的過(guò)程復(fù)雜且不徹底，導(dǎo)致純度下降。溶液的用量是以樣品中蛋白質(zhì)的含量為基準(zhǔn)的，而不是以核酸含量為基準(zhǔn)。
4、 溶液Ⅱ操作時(shí)要注意的事項(xiàng)
在反應(yīng)液充分的時(shí)候，第一，反應(yīng)的時(shí)間不能過(guò)長(zhǎng)，長(zhǎng)時(shí)間的堿性條件會(huì)打斷DNA，基因組DNA一旦發(fā)生斷裂，只要是50－100 kb大小的片斷，就沒(méi)有辦法再被溶液Ⅲ沉淀了；第二，不得激烈振蕩，不然基因組DNA也會(huì)斷裂最后得到的質(zhì)粒上總會(huì)有大量的基因組DNA混入，瓊脂糖電泳可以觀察到一條濃濃的總DNA條帶。
5、質(zhì)粒質(zhì)量檢測(cè)
將抽提好的核酸直接用于后續(xù)的實(shí)驗(yàn)，是唯一可靠的檢測(cè)方法；除此之外的檢測(cè)方法，都是相對(duì)的，而且并不十分可信。目前用于正式實(shí)驗(yàn)前檢測(cè)核酸質(zhì)量的方法，一是電泳，二是紫外分光光度儀。電泳檢測(cè)的主要是核酸的完整性和大小，只要核酸不是太小或者太大 (超出電泳分離范圍)，該方法還是非?？尚诺?；電泳還可以用于估計(jì)核酸的濃度，但其準(zhǔn)確度與經(jīng)驗(yàn)有關(guān)；另外，電泳也可能提供某些雜質(zhì)污染的信息，但是同樣與經(jīng)驗(yàn)有關(guān)。紫外分光光度儀檢測(cè)的是純度和核酸含量，然而，由于紫外分光光度儀不能確保非常準(zhǔn)確，而該儀器的靈敏度又非常高，所以，提供的結(jié)果并不十分可信。一般講，同時(shí)進(jìn)行紫外和電泳檢測(cè)，綜合二者的結(jié)果，可以做出一個(gè)更合理的判斷。但由于這兩個(gè)方法都有缺陷，所以，即使出現(xiàn)壞的結(jié)果能用于后續(xù)實(shí)驗(yàn)而好的結(jié)果卻不能用于后續(xù)實(shí)驗(yàn)，也不用大驚小怪。
6、 質(zhì)粒電泳條帶
瓊脂糖電泳進(jìn)行鑒定質(zhì)粒DNA時(shí)，多數(shù)情況下你能看到三條帶，但不要認(rèn)為你看到的是超螺旋、線性和開環(huán)這三條帶。堿法抽提得到質(zhì)粒樣品中不含線性DNA，用EcoRI來(lái)線性化質(zhì)粒后再進(jìn)行瓊脂糖電泳，就會(huì)看到線性質(zhì)粒DNA的位置與這三條帶的位置不一樣。其實(shí)這三條帶以電泳速度的快慢而排序，分別是超螺旋、開環(huán)和復(fù)制中間體（即沒(méi)有復(fù)制完全的兩個(gè)質(zhì)粒連在了一起）。如果你不小心在溶液II加入后過(guò)度振蕩，會(huì)有第四條帶，這條帶泳動(dòng)得較慢，遠(yuǎn)離這三條帶，是20-100kb的大腸桿菌基因組DNA的片斷。 非常偶然的是，有時(shí)候抽提到的質(zhì)粒會(huì)有7－10條帶，這是由于特殊的DNA序列導(dǎo)致了不同程度的超螺旋（超螺旋的圈數(shù)不同）所致。
7、 核酸的保存
純化后的核酸，最后多使用水或者低濃度緩沖液溶解；其中 RNA 以水為主，DNA 則多以弱堿性的 Tris 或者 TE 溶解。經(jīng)典的 DNA 溶解方法多提倡使用 TE 溶解，認(rèn)為 EDTA 可以減少 DNA 被可能殘留下來(lái)的 DNase 降解的風(fēng)險(xiǎn)；如果操作過(guò)程控制得當(dāng)，DNase 的殘留幾乎是可以忽略的，完全可以直接使用 Tris 或者水 (pH 接近 7) 溶解 DNA?；旧希怂嵩诒４嬷械姆€(wěn)定性，與溫度成反比，與濃度成正比。
如果溫度合適，保存中核酸發(fā)生降解或者消失，首要原因是酶殘留導(dǎo)致的酶解，第二個(gè)原因則是保存核酸溶液的 pH 值不合適導(dǎo)致的水解 (RNA 在弱酸性更穩(wěn)定，而 DNA 在弱堿性更合適)。還有一個(gè)不為人重視的，就是 EP 管對(duì)核酸的影響。首先一定要堅(jiān)信一點(diǎn)，那就是核酸一定會(huì)與裝它的容器的接觸面發(fā)生反應(yīng)，達(dá)到某種均衡。EP 管的材質(zhì)，首先可能吸附核酸，其次還可以誘導(dǎo)核酸的結(jié)構(gòu)發(fā)生某些變化，如變性。在核酸的濃度比較高時(shí)，這個(gè)現(xiàn)象可能觀察不到；當(dāng)核酸濃度很低時(shí)，則比較明顯了。在低濃度的核酸中加入 Geletin,Glycogen,BSA 可以穩(wěn)定核酸，雖然已經(jīng)為實(shí)驗(yàn)所證明，但許多實(shí)驗(yàn)人員并沒(méi)有將該建議當(dāng)回事?，F(xiàn)在制造 EP 管的材料遠(yuǎn)多于過(guò)去。這些新出現(xiàn)的材料，在強(qiáng)度、透明度等物理特征方面可能比原來(lái)的純 PP 材質(zhì)要好許多，但其化學(xué)特征，尤其是對(duì)核酸穩(wěn)定性的可能影響，遠(yuǎn)沒(méi)有研究透徹。正如現(xiàn)在的質(zhì)?？梢愿脑斓迷絹?lái)越適用某些要求一樣，其負(fù)面產(chǎn)物可能是，抽提的質(zhì)粒電泳的構(gòu)型越來(lái)越多：除了原來(lái)的三種帶型外，還可能出現(xiàn) denatured cc 、multimeric forms of cc 等等帶型。
8、 核酸抽提中的溫度問(wèn)題
核酸抽提中的溫度問(wèn)題，也是一個(gè)值得關(guān)注的問(wèn)題。首先要明確的一點(diǎn)是，任何一個(gè)溫度條件，對(duì)某些方面有利，同時(shí)也一定會(huì)有不利的一面。如沉淀，低溫操作會(huì)提高得率，但也會(huì)增加雜質(zhì)的殘留。任何一步操作該用什么溫度為好，應(yīng)該是利弊權(quán)衡的結(jié)果?；旧希艘恍┨厥獾牟襟E，如消化等外，用室溫是最好的選擇。低溫的確可以減低酶的活性，但低溫同時(shí)也降低了這些酶被裂解液中的試劑滅活或者抑制的速度，此消彼長(zhǎng)，沒(méi)有辦法給出結(jié)論的。